但是后来，黄教兴起，开始挑战噶举、萨迦等旧派的地位，但是一切的转折，还是在蒙古人这里。
当初漠南蒙古俺答汗为了统一蒙古各部、巩固自身统治，主动引入黄教，意图借助宗教的力量凝聚人心。
公元 1578年，俺答汗与黄教领袖索南嘉措在仰华寺会晤，俺答汗赠索南嘉措“达赖喇嘛”尊号（即三世达赖），索南嘉措则封俺答汗为“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”，双方结成同盟。
此后，黄教在蒙古全境迅速传播，取代萨满教成为主流，蒙古成为黄教最大外部护法，为其在西藏的扩张提供军事后盾。
自此之后，红教与黄教便势同水火，争斗不休，打的不可开交。
这宗教战争的残酷，远超寻常的权力争斗。
如今，红教联合藏巴汗政权，对黄教展开了残酷的打压，焚毁黄教寺院、没收其土地、迫害其僧人，无所不用其极，黄教已然到了濒临覆灭的边缘。
黄教实在是顶不住了，连忙摇人，向自己的蒙古护法求援，漠南土默特部应邀入藏助战。
青海土默特首领拉尊穷哇罗桑丹增、洪台吉率领数千骑兵进入藏地，与拉萨本地的黄教武装（吉雪巴）汇合，在拉萨城郊与藏巴汗的大军展开激战，最终击败了藏巴汗的一万大军，暂时缓解了黄教的危机。
可好景不长，土默特部虽然在1621年取得了胜利，但彼时土默特部内部早已四分五裂，纷争不断，根本无力长期在藏地驻军，也无法彻底消灭藏巴汗政权，只能草草撤兵返回青海。
土默特部一走，黄教再次陷入孤立无援的境地，红教与藏巴汗政权卷土重来，对黄教的打压愈发严苛。
要是按照原来的历史发展，后来外喀尔喀蒙古领主却图汗，因在蒙古内部斗争中被排挤，于1632年率部南下青海，征服了当地的土默特残部，成为青海的霸主。
这却图汗原本信奉黄教，后来却转而改信红教，在青海境内大肆捕杀黄教高僧、拆毁黄教寺院、没收其寺产，与藏巴汗、白利土司结成同盟，三方联手，把黄教往死了整！
当时的黄教高层，五世达赖，四世班禅这帮人一看，土默特已经没了，必须找更强蒙古势力，不然就只能等死了。
于是1635年，黄教派密使赴卫拉特，邀请和硕特部首领固始汗入藏，取代土默特部成为黄教新的护法。
这和硕特部，是卫拉特四部中最早皈依黄教的部落，与达赖喇嘛、班禅额尔德尼的关系最为密切。
固始汗本身早已皈依黄教，还被黄教高层赠予“大国师（顾实汗）”尊号，视护持黄教为“天命”。
与此同时，卫拉特四部中，准噶尔部日渐崛起，不断挤压和硕特部的生存空间，固始汗也急需南下开辟新的领地，扩充自身势力。
黄教的求援，恰好为固始汗提供了“名正言顺”的借口——既可“护教”，又可扩张至青海、西藏，建立属于自己的汗国。
后来固始汗率军入藏，击败藏巴汗、白利土司与却图汗的同盟，结束了西藏近三百年的教派混战，建立了和硕特汗国，形成了“汗王掌军、黄教掌教”的政教合一格局。
固始汗自任汗王，执掌藏地的军事与行政大权，同时设立第巴（西藏行政长官）处理日常事务，还留下自己的诸子镇守青海，建立稳固的后方。
当然，这些都是原本历史上的走向。
在原来的时空里，彼时的大明早已步入王朝末期，内有农民起义风起云涌，外有后金虎视眈眈，朝廷自顾不暇，根本无力顾及藏地的局势。
所以后面发生的这一切，大明基本上没有任何参与感，只能眼睁睁看着藏地脱离掌控，落入蒙古部落之手。
但现在，一切都不一样了。
如今是天启四年，1624年，距离外喀尔喀蒙古领主却图汗南下青海还有八年，距离黄教邀请固始汗入藏更是还有十一年。
更重要的是，林丹汗被王毅率领的骑兵打得连连西迁，又因改信红教，被蒙古诸部落排斥，如今正盘踞在青海一带，与土默特部打得难解难分，青海正是一片混乱。
没有了土默特部的有效牵制，藏地的黄教，日子比原本历史上还要艰难，已然到了山穷水尽的地步。
朱由校想起这段时间大都督府传来的情报，心中愈发清楚。
随着明军这两年的强势崛起，整个漠南草原的半壁江山已然被明军占领。
如今漠南的土默特、喀喇沁、鄂尔多斯、永谢布等部落，虽然碍于明军的扩张联合起来，但在“羊毛收割”的经济战略打压下，其势力日渐衰落，早已不复往日荣光，根本谈不上什么威胁。
如今的草原，大明已然是霸主级别的存在。
那些蒙古部落与藏地势力，既然学不会遵奉朝廷号令，那他不介意出手，好好教育教育他们，将藏地重新纳入大明的掌控之中。
江仲谋站在一旁，看着朱由校陷入深思，心中已然猜到了自家这位陛下的心思。
陛下向来雄心勃勃，如今西南战事已定，定然是闲不住了，想要趁机对藏地动手，彻底解决藏地的乱象。
他没有等朱由校再开口，当即上前一步，拱手道：
“陛下，臣斗胆直言。”
朱由校抬眸看他：“爱卿但说无妨！”
“陛下，藏地这些年战乱不断，教派纷争不止，各部势力互相厮杀，实力早已孱弱不堪。”
江仲谋的声音透着一股笃定，“前两年，土默特那帮杂兵，几千骑兵就能横扫藏地，可见其战力之低下。如今青海一带战乱不休，藏地内部更是内战不止，各部首领狂妄自大，对朝廷的命令更是置若罔闻……”
他抬起头，目光炯炯地看向朱由校：
“臣以为，也该是时候教训一二了。”
听到这话，朱由校眼睛一亮，瞬间回过神来。
心中暗道：小孩子不听话，就该打打屁股。
这帮藏地的僧俗首领，仗着高原气候的天然屏障，对大明爱搭不理了两百年，甚至屡屡挑衅，真当大明是好欺负的？
可他朱由校可不是以前那几位皇帝，他们或许拿高原没办法，但他有系统，他有虎贲精锐，既然撞上了，那就没有放过的道理。
再说了，朱由校想起后世那句脍炙人口的话：
坐着火车去拉萨。
自己这辈子可能是去不了了，但可以让拉萨来见朕嘛。
他忽然笑了一声，把江仲谋和赵彦章都笑得一愣。